Na szafie organowej wykonano uzupełnienia złoceń i srebrzeń oraz częściową ich rekonstrukcję.
Następnie kontynuowano prace przy zdemontowanych elementach znajdujących się w pracowni. Scalono kolorystycznie warstwę malarską na trzech latarniach ze zwieńczenia, uszakach oraz dwóch kurtynach, a następnie umieszczono te elementy na swoich miejscach w zwieńczeniu architektury prospektu organowego. Wykonano retusze na płycinach z portretami z empory. Na zaizolowaną werniksem retuszerskim powierzchnię zastosowano retusz farbami temperowymi z dodatkiem Primalu AC33. Na dwóch płycinach bliżej środka wykonano uzupełnienia złoceń i rekonstrukcję srebrzeń postępując analogicznie jak w przypadku pozostałych elementów dekoracyjnych. Na dwóch płycinach skrajnych w miejscu złoceń, zgodnie z najstarszym opracowaniem położona została żółta farba.
W tym etapie prac skupiono się na architekturze prospektu i empory. Prace prowadzono na rusztowaniu. Oczyszczono cały obiekt z zabrudzeń powierzchniowych. A następnie oczyszczono z warstw wtórnych postępując analogicznie jak przy zdemontowanych detalach. W trakcie prac odsłonięto Chrystogram, znajdujący się na płycinie nad stołem organowym. Drewno konstrukcji prospektu i empory nie wymagało impregnacji, jego powierzchnię zabezpieczono nakładaną pędzlem żywicą akrylową Paraloid B72 w toluenie.
Następnie wykonano u prace stolarskie mające na celu skonsolidowanie ruchomych elementów konstrukcji. Sklejono spękania drewna i wklejono w nie fleki. Otwory po owadach wypełniono bukowymi kołkami oraz gotowym kitem do drewna. Również drobne ubytki drewna uzupełniono tą samą masą szpachlową. Wykonano rekonstrukcję brakujących listew i nie demontowanych elementów dekoracji. Warstwę malarską na powierzchni szafy organowej i empory zabezpieczono warstwą werniksu retuszerskiego. Wykonano retusz scalający brązowej warstwy malarskiej na prospekcie organowym.
Po rozpoznaniu stanu zachowania oraz rodzaju i liczby nawarstwień zdecydowano o usunięciu przemalowań z początku XX w. i złoceń wykonanych szlagmetalem. Wykonano próby, aby ustalić najbardziej optymalną metodę usuwania zabrudzeń i przemalowań. W pierwszej kolejności oczyszczono zdemontowane elementy. W trakcie prac rozpoznano, że część dekoracji zostało dorobione na początku XX wieku. Po oczyszczeniu większość elementów musiała zostać poddana impregnacji wzmacniającej osłabioną strukturę drewna. Kolejno wykonano naprawy stolarskie: sklejenia pęknięć i ustabilizowanie łączeń. Ubytki formy zdecydowano się uzupełnić flekami z drewna lipowego. Uzupełniono brakujące listwy i gzymsy w zdemontowanych płycinach z empory.
W przypadku trzech rzeźb ze zwieńczenia prospektu uzupełniono również ubytki zaprawy i wykonano retusz oraz rekonstrukcję złoceń i polichromii. Powierzchnię rzeźb zabezpieczono.
Manierystyczny prospekt organowy tworzący całość z balkonem chóru muzycznego zaliczany jest do najcenniejszych w swojej kategorii obiektów w Polsce. Pochodzi on z początku XVII wieku. Przed przystąpieniem do prac ustawiono rusztowanie, które umożliwiło wykonanie szczegółowej dokumentacji fotograficznej i opisowej stanu zachowania. W trakcie oględzin obiektu odczytano inskrypcję wykonaną na płycinie z boku empory, pochodzącą z 1634 roku i traktującą o fundacji polichromii na prospekcie. Autorstwo projektu prospektu można przypisać Christianowi Neumannowi, organmistrzowi działającemu w tym czasie w Nowym Mieście.
Przeprowadzono analizę historyczno sztuczną w wyniku, której rozpoznano sportretowane na emporze osoby.
Przed przystąpieniem do prac konserwatorskich stan zachowania drewna prospektu wskazywał na aktywność drewnojadów. Dlatego pierwszym krokiem było szczelne opakowanie folią gazoszczelną obiektu – stworzenie komory in situ i przeprowadzenie zabiegu dezynfecji i dezynsekcji z użyciem azotu. Po osiągnięciu wymaganego stężenia w komorze obiekt pozostawiono szczelnie zamknięty na czas 21 dni.
Następnie zdemontowano rzeźby oraz aplikacje i przewieziono do pracowni konserwatorskiej. Zarówno na architekturze prospektu jak na zdemontowanych elementach wykonano odkrywki oraz pobrano próbki w celu rozpoznania techniki wykonania najstarszych warstw. Ustalono występowanie dwóch warstw chronologicznych, przy czym starsze opracowanie jest spójne z inskrypcją z 1634 roku i zostało uznane za pierwotne.
Przeprowadzono prace fumigacyjne elementów wyposażenia wnętrza kościoła oraz rozpoczęto prace konserwatorskie wyposażenia kościoła. W pierwszej kolejności konserwacji i restauracji zostanie poddana późnorenesansowa empora chóru organowego wraz z prospektem organowym.