Podczas trzeciego etapu prac poddano pełnym pracom konserwatorskim wszystkie zdemontowane z prospektu aplikacje oraz rzeźby. Zarówno rzeźby aniołów jaki i figura pelikana zostały na prospekcie ustawione wtórnie, reprezentują one trzy różne style rzeźbiarskie i można przypuszczać, że jedynie anioł z instrumentem pochodził pierwotnie z prospektu. Zdecydowano przeprowadzić konserwację wszystkich rzeźb, ale jedynie rzeźba anioła z instrumentem wróci po konserwacji na prospekt.
Rzeźby oraz wszystkie aplikacje ze względu na zły stan drewna poddano zabiegowi impregnacji, który znacznie wzmocnił oraz skonsolidował osłabione przez ksylofagi drewno. Wykonano wzmocnienia konstrukcji i uzupełnienia snycerskie. Przy rzeźbie anioła muzykującego zrekonstruowano w drewnie lipowym fragment instrumentu.
Głębsze i większe ubytki drewna uzupełniono dwuskładnikową żywicą epoksydową, natomiast otwory po owadach uzupełniono kitem do drewna, który opracowano do poziomu oryginału. Ubytki zaprawy oraz rekonstrukcje pokryto gruntem. Scalono śladowo zachowane złocenia i srebrzenia oraz wykonano rekonstrukcje złoceń złotem płatkowym. Na rzeźbach i aplikacjach wykonano retusz naśladowczy farbami temperowymi. Powierzchnię elementów prospektu zabezpieczono werniksem końcowym.
