W tym etapie prac skupiono się na architekturze prospektu i empory. Prace prowadzono na rusztowaniu. Oczyszczono cały obiekt z zabrudzeń powierzchniowych. A następnie oczyszczono z warstw wtórnych postępując analogicznie jak przy zdemontowanych detalach. W trakcie prac odsłonięto Chrystogram, znajdujący się na płycinie nad stołem organowym. Drewno konstrukcji prospektu i empory nie wymagało impregnacji, jego powierzchnię zabezpieczono nakładaną pędzlem żywicą akrylową Paraloid B72 w toluenie.
Następnie wykonano u prace stolarskie mające na celu skonsolidowanie ruchomych elementów konstrukcji. Sklejono spękania drewna i wklejono w nie fleki. Otwory po owadach wypełniono bukowymi kołkami oraz gotowym kitem do drewna. Również drobne ubytki drewna uzupełniono tą samą masą szpachlową. Wykonano rekonstrukcję brakujących listew i nie demontowanych elementów dekoracji. Warstwę malarską na powierzchni szafy organowej i empory zabezpieczono warstwą werniksu retuszerskiego. Wykonano retusz scalający brązowej warstwy malarskiej na prospekcie organowym.
