Manierystyczny prospekt organowy tworzący całość z balkonem chóru muzycznego zaliczany jest do najcenniejszych w swojej kategorii obiektów w Polsce. Pochodzi on z początku XVII wieku. Przed przystąpieniem do prac ustawiono rusztowanie, które umożliwiło wykonanie szczegółowej dokumentacji fotograficznej i opisowej stanu zachowania. W trakcie oględzin obiektu odczytano inskrypcję wykonaną na płycinie z boku empory, pochodzącą z 1634 roku i traktującą o fundacji polichromii na prospekcie. Autorstwo projektu prospektu można przypisać Christianowi Neumannowi, organmistrzowi działającemu w tym czasie w Nowym Mieście.
Przeprowadzono analizę historyczno sztuczną w wyniku, której rozpoznano sportretowane na emporze osoby.
Przed przystąpieniem do prac konserwatorskich stan zachowania drewna prospektu wskazywał na aktywność drewnojadów. Dlatego pierwszym krokiem było szczelne opakowanie folią gazoszczelną obiektu – stworzenie komory in situ i przeprowadzenie zabiegu dezynfecji i dezynsekcji z użyciem azotu. Po osiągnięciu wymaganego stężenia w komorze obiekt pozostawiono szczelnie zamknięty na czas 21 dni.
Następnie zdemontowano rzeźby oraz aplikacje i przewieziono do pracowni konserwatorskiej. Zarówno na architekturze prospektu jak na zdemontowanych elementach wykonano odkrywki oraz pobrano próbki w celu rozpoznania techniki wykonania najstarszych warstw. Ustalono występowanie dwóch warstw chronologicznych, przy czym starsze opracowanie jest spójne z inskrypcją z 1634 roku i zostało uznane za pierwotne.
