Po zdemontowaniu elementów ołtarza, zabezpieczeniu na czas transportu przewieziono je do pracowni konserwacji dzieł sztuki w Toruniu. Elementy drewniane ołtarza, najsilniej zniszczone przez owady, poddano zabiegowi wzmocnienia strukturalnego. Rozpoczęto usuwanie przemalowań z powierzchni ołtarza, rzeźb i ornamentów. Ołtarz przemalowywano pięciokrotnie – tyle razy przeprowadzano przy nim doraźne prace renowacyjne. Zmieniano każdorazowo kolorystykę, „odświeżano” złocenia, próbowano naprawiać ubytki i uszkodzenia drewna. Prowadzone prace konserwatorskie w ramach projektu „Drewniane Perły Architektury..” mają na celu w pierwszej kolejności zahamowanie procesów niszczących, utrwalenie i zachowanie oryginalnej substancji zabytkowej obiektu, przywrócenie pierwotnego XVIII w., zachowanego wystroju ołtarza.